Diferente do modelo de exportação, no qual os navios partem do Porto de Santos com destino a países distantes, a cabotagem se caracteriza pelo transporte marítimo entre dois complexos de um mesmo país ou de nações vizinhas, seja pelo litoral ou por vias fluviais. Muito utilizado na década de 1930, a cabotagem surgiu como principal modelo de transporte, justamente quando as malhas ferroviária e rodoviária apresentavam condições precárias para o transporte. Hoje, apenas 11 portos são atendidos por linhas de cabotagem no Brasil. No caso do Porto de Santos, este tipo de transporte é oferecido por três companhias de navegação: a Aliança, a Log-In Logística Intermodal e a Mercosul Line. A Aliança, empresa da armadora Hamburg Sud, opera com dez navios para cabotagem no complexo santista, enquanto na frota da Log-In, cinco embarcações atracam em Santos. Já na Mercosul Line, que pertence ao grupo APM-MollerMaersk, três navios são utilizados para este tipo de operação. A Secretaria Especial de Portos (SEP) pretende incentivar a implantação da cabotagem em todos os portos brasileiros e com a mesma simplicidade do modal rodoviário, que, atualmente, responde por 71% das cargas transportadas em todo o País.