Os planos de expansão de portos como o de Angra dos Reis, Paraty, São Sebastião (SP) e até o da baía de Sepetiba poderão ser revistos. Os estados do Rio e São Paulo estão criando Áreas de Proteção Ambiental (APAs) marítimas, para proteger os ecossistemas dessas localidades, rotas principais da exploração do petróleo. Segundo especialistas, a exploração do pré-sal pode gerar, por ano, um movimento de sete mil atracações nos portos brasileiros, ou o equivalente ao movimento do Porto de Santos.

Para evitar o impacto ambiental de toda essa logística, podem ser criadas até restrições nestes portos, os mais próximos dos principais poços do pré-sal. O governo do Estado do Rio está criando uma APA na região da Ilha Grande, que pode afetar a movimentação de navios na região e até na baía de Sepetiba, pois a APA poderá afetar as rotas dos portos de Itaguaí. No litoral paulista, são três APAs que cobrem praticamente todo o litoral.