Os portos continuam com problemas de restrição à navegação, apesar do Programa Nacional de Dragagem (PND). Lançado pelo governo em 2007 com o maior orçamento dedicado à modernização portuária (R$ 1,4 bilhão), o PND prometia aprofundar e conservar as cotas dos principais portos. Mas, sete anos depois, portos-chaves continuam com limitações. A segunda etapa do programa, o PND II, lançada em 2012 para manter e avançar nos ganhos da primeira fase, teve alguns editais lançados neste ano, mas nenhum contrato foi assinado.

Desde 2007 a oferta média de carregamento das embarcações que escalam regularmente o Brasil mais que dobrou e os calados (a profundidade menos a folga de segurança) cresceram 22%. Consequentemente, há navios que não podem usar a capacidade máxima sob o risco de encalhar.