O Governo Federal incluiu no texto da Medida Provisória no 564 uma revisão no programa Profrota Pesqueira. Criado pela Lei no 10.849, de 23 de março de 2004, o Programa Nacional de Financiamento da Ampliação e Modernização da Frota Pesqueira Nacional – Profrota Pesqueira, compreende financiamentos para a aquisição, construção, conversão, modernização, adaptação e equipagem de embarcações pesqueiras. O programa tem por objetivo proporcionar a sustentabilidade da frota pesqueira costeira e continental, promover o máximo aproveitamento das capturas, aumentar a produção e melhorar a qualidade do pescado e consolidar a frota pesqueira oceânica brasileira. O Programa é custeado pelos Fundos Constitucionais de Financiamento do Nordeste e do Norte, para os financiamentos nas Regiões Nordeste e Norte, cujos agentes são o Banco do Nordeste e BASA e por recursos do Fundo da Marinha Mercante – FMM para as demais regiões. Segundo o Ministério da Pesca os recursos do programa foram pouco utilizados e as necessidades de modernização e ampliação da frota pesqueira permanece.O texto em exame no Congresso Nacional altera os arts. 2º, 3º e 4º da Lei nº 10.849, de 23 de março de 2004. O novo texto proposto para o art. 2º  passa a definir quem são os beneficiários do programa, que são as pessoas físicas e jurídicas, devidamente inscritas no Registro Geral da Atividade Pesqueira – RGP nas categorias de Armador de Pesca, Pescador Profissional, Indústria ou Empresa Pesqueira. O novo texto proposto para o art. 3º remove a definição das metas a serem atingidas pelo programa, mas estabelece que o regulamento a ser criado para o programa deverá estipular as suas metas com cronogramas anuais, por fonte de financiamento, levando em consideração a sustentabilidade ambiental da atividade. Além disso, o regulamento deverá garantindo tratamento diferenciado pelo porte do beneficiário, em especial para as cooperativas e associações de mini e pequeno porte, e segundo aspectos ambientais. No art. 4º o novo texto estabeleceu que os novos limites de financiamento e prazos de amortização de acordo o destino do recurso. Também não há mais menção ao prazo de carência, aos encargos do financiamento e as garantias exigidas, o que faz crer que estes serão estipulados quando o regulamento do programa revisado for publicado. Ao se retirar diversos parâmetros do financiamento do texto legal, deixando-os sobre a definição do regulamento, o Governo terá melhores condições de tornar o Profrota Pesqueira mais atraente para a indústria de pesca. O texto da Medida Provisória foi aprovado pelo plenário da Câmara dos Deputados, tendo sido enviado para exame e votação do Senado.