A recuperação do habitat dos golfinhos da Baía de Guanabara pode estar ainda mais distante. A diretoria de licenciamento ambiental do Instituto Estadual do Ambiente (Inea) estuda duas possibilidades de implantação do Emissário Terrestre e Submarino do Complexo Petroquímico do Estado do Rio de Janeiro (Comperj). Uma delas seria a orla de Maricá e a outra, dentro da baía. O projeto de Mamíferos Aquáticos (Maqua) se opõe à idéia.

O emissário tem por objetivo transportar resíduos tratados das unidades industriais do Comperj, em Itaboraí, até o mar, onde sofrerá ação de diluição e dispersão. De acordo com o professor de Oceanografia da UERJ e responsável pela análise de população do Maqua, Alexandre Azevedo, os riscos são grandes para a Baía de Guanabara. A possibilidade de contaminação dos organismos que habitam as águas da enseada é preocupante.