Em 2009, a Federação Nacional dos Portuários (FNP) apresentou denúncia ao Tribunal de Contas da União (TCU) alegando haver irregularidade na exploração de terminais privativos situados nas áreas dos portos organizados. No entender da federação, alguns terminais privativos atuam como terminais públicos na medida em que movimentam parcelas pequenas de cargas próprias em relação a cargas de terceiros. Por se tratarem de terminais privativos, não estão sujeitos as condições de operação impostas pela Lei dos Portos (Lei no 8.630 de 1993) que obrigam o uso de mão de obra controlada pelo Órgão Gestor de Mão de Obra (OGMO), que apresenta custos maiores do que a a simples aplicação do regime estabelecido pela CLT. Esta condição mais favorável de operação dos terminais privativos e a extensiva oferta de serviços portuários a cargas de terceiros cria concorrência injusta em relação aos terminais públicos. Em 2012, a Secretaria de Fiscalização de Desestatização e Regulação (Sefid), unidade técnica do TCU, produziu parecer destacando que há irregularidade nas outorgas concedidas há alguns destes terminais privativos, por conta do descompasso dos volumes movimentados entre as cargas próprias e as de terceiros. Ao julgarem a matéria, os ministros do TCU, por sete votos a um, decidiram não acompanhar o parecer técnico, por entenderem que o novo marco regulatório para exploração de portos e terminais, estabelecido pela Medida Provisória no 595 não faz exigência da preponderância da movimentação de cargas próprias em relação a de terceiros, havendo na mesma um prazo para regularização dos contratos existentes anteriores a publicação da medida.